与CT检查相比，核磁共振有自己的一些优点。
核磁共振能敏感地检查出组织成分中水含量的变化，能显示功能和新陈代谢过程等生理生化信息的变化，为一些早期病变提供了诊断依据，常常比CT能更有效和更早地发现病变。
核磁共振还能非常清晰地显示脑和脊髓的灰质和白质，故在神经系统疾病的诊断方面优于CT，对颅脑、脊柱和脊髓疾病的显示优于CT。
还有，核磁共振可根据需要，直接显示人体任意角度的切面像，可以直接作出横断面、矢状面、冠状面和各种斜面的体层图像。
而CT只能显示与身体长轴相垂直的横断层像。
核磁共振还有高于CT数倍的软组织分辨能力。
图像中对于软组织的对比度可以提高一到三个等级度。大功率的核磁共振仪器拍摄的照片非常清晰，甚至可以看到组织内的细小血管。
当然，核磁共振仪器也有自己的缺点。
一是前期准备复杂且耗时长，成像时间也较长。
二是由于金属的磁场反应，使带有心脏起搏器的患者，或体内有某些金属的部位不能作核磁共振的检查。
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